Хотя оба понятия описывают систему, состоящую из сообщества организмов и их среды, они имеют разное происхождение и контекст использования:
- Экосистема – это более широкое, универсальное понятие (введено А. Тенсли), применимое к системам любого масштаба (от капли воды до океана) и типа (искусственным, природным).
- Биогеоценоз – это более строгое, географически обусловленное понятие (введено В.Н. Сукачевым), которое чаще всего используется в отечественной науке и относится к естественным, исторически сложившимся участкам суши, где сообщество организмов (биоценоз) неразрывно связано с определенным комплексом неживой природы (геоценозом). По сути, биогеоценоз является одним из типов экосистемы.