Молекула фосфолипида имеет амфифильное строение: она состоит из полярной, гидрофильной «головки» (остаток фосфорной кислоты) и двух длинных неполярных, гидрофобных «хвостов» (остатки высших жирных кислот).
В водной среде гидрофобные хвосты стремятся избежать контакта с водой и соединяются друг с другом, в то время как гидрофильные головки обращены к водной среде. В результате фосфолипиды самопроизвольно формируют билипидный слой — двойной слой, где хвосты направлены внутрь слоя, а головки — наружу к воде (в клетке это цитоплазма и внешняя среда).