Во введении объясняется, почему микробные сообщества трудно изучать по одним только наблюдениям за природой и чем полезна модель колонны Виноградского. Здесь формулируются проблема, цель и задачи проекта, обозначаются объект исследования, предполагаемый результат и правила безопасной работы с биологическим материалом.

Раздел знакомит с Сергеем Николаевичем Виноградским и его исследованиями микроорганизмов, участвующих в превращениях веществ. Описывается, почему созданная на основе грунта и воды колонна позволяет наблюдать взаимодействие разных групп микробов и какие выводы из такого наблюдения допустимы.

В теоретической части перечисляются основные составляющие модели: прозрачный сосуд, грунт, вода, органический материал и источник сульфата. Объясняется назначение каждого компонента и рассматриваются условия, от которых зависит развитие сообществ, без указания универсального рецепта для всех образцов.

В разделе рассматривается, как в толще грунта и воды меняются доступность кислорода, освещённость и содержание соединений серы. Связь этих градиентов с распределением микроорганизмов объясняется на примерах аэробных, анаэробных и фотосинтезирующих групп.

Пункт описывает роль микроорганизмов в разложении органических веществ и превращениях соединений серы и других элементов. Учащийся знакомится с различиями между фотосинтезирующими бактериями, сульфатредуцирующими организмами и другими группами, не приписывая им функции только по внешнему цвету слоя.

Практический раздел содержит последовательность подготовки ёмкости, внесения грунта, воды и выбранных добавок, а также способы маркировки образца. Отдельно оговариваются согласование действий с учителем, использование перчаток, отказ от дегустации и вскрытия сосуда, а также корректная утилизация содержимого.

В этом пункте описывается порядок регистрации изменений: даты, условия освещения, появление и расположение окрашенных зон, осадка и пузырьков, если они заметны. Фотографии делают с одинакового ракурса; записи отделяют от предположений о причинах, чтобы сохранить проверяемость наблюдений.

Практические наблюдения сопоставляются с ожидаемыми процессами и сведениями из надёжных источников. В разделе приводятся схема колонны и осторожные объяснения изменений, обсуждаются возможные причины отличий от ожиданий и подчёркивается, что без лабораторного анализа состав микробных сообществ точно не устанавливается.

В заключении кратко соотносятся полученные наблюдения с целью и задачами проекта. Указываются признаки, которые удалось зафиксировать, объясняются ограничения визуальной модели и формулируются возможные способы продолжить изучение темы, например сравнить условия нескольких колонн при соблюдении безопасности.

В список включаются использованные учебники по биологии и экологии, научно-популярные или научные материалы о Виноградском и микробных циклах, а также инструкции по безопасной работе. Для интернет-источников указываются автор или организация, название страницы, ссылка и дата обращения.