Во введении обозначаются тема проекта, её исторические границы и основные вопросы: когда возникла формула «Москва — третий Рим», что она означала для современников и почему её трактовки менялись. Здесь объясняется выбор темы, формулируются цель и задачи, указываются источники и кратко описывается предполагаемый результат исследования.

В этом разделе рассматривается положение православного мира и Московского государства на рубеже XV–XVI веков. Описываются падение Константинополя, усиление московской власти и религиозные представления о преемственности христианских центров. Эти сведения создают контекст, необходимый для понимания того, почему идеи о месте Москвы получили распространение.

Раздел посвящён личности Филофея, его монастырской среде и известным посланиям начала XVI века. Рассматриваются адресаты текстов и обстоятельства, в которых появилась формула о двух павших Римах и третьем, который стоит. Отдельно отмечается необходимость учитывать контекст источника, а не сводить его содержание к одной цитате.

Здесь объясняется, какие исторические и религиозные значения могли иметь образы древнего Рима, Константинополя и Москвы. Анализируется связь идеи с сохранением православной веры и ответственностью правителя. Раздел помогает отличить содержание текстов Филофея от утверждений о якобы готовом плане создания новой империи.

В этом пункте изучается, как идея соотносилась с укреплением власти московских государей в XVI веке. Рассматриваются венчание Ивана IV на царство и развитие церковных институтов, включая учреждение патриаршества. Сопоставление событий с текстами позволяет осторожно оценить влияние концепции, не объявляя её единственной причиной политических перемен.

Раздел показывает, как формулу переосмысляли в последующие столетия и в современной историографии. Рассматриваются различия между религиозным содержанием ранних посланий и позднейшим представлением о концепции как государственной доктрине. Указываются причины разногласий исследователей и значение критической работы с источниками.

Практическая часть начинается с отбора доступных публикаций посланий Филофея и научных комментариев к ним. Участники выделяют ключевые формулировки, определяют адресатов и сопоставляют текст с исторической обстановкой. Результат этого анализа позволяет обосновать выводы конкретными свидетельствами, а не пересказом распространённых, но упрощённых трактовок.

В разделе создаётся краткая хронологическая схема, связывающая падение Константинополя, появление посланий Филофея и события истории Московского государства. Затем сопоставляются первоначальный смысл формулы и её позднейшие толкования. Эта практическая работа помогает наглядно показать последовательность событий и обозначить, какие утверждения подтверждаются источниками.

В заключении обобщаются результаты изучения происхождения и развития концепции, а также даётся ответ на вопрос о её первоначальном содержании. Отдельно отмечается, какие сведения удалось подтвердить источниками и почему позднейшие интерпретации нельзя автоматически приписывать Филофею. Здесь же кратко оценивается, насколько достигнута поставленная цель.

В список включаются использованные учебники, научные исследования по истории Московского государства и публикации посланий Филофея с комментариями. Для интернет-материалов указываются название, автор или организация и дата обращения. Библиографические сведения оформляются единообразно, чтобы читатель мог проверить приведённые факты и при необходимости обратиться к первоисточникам.